حکومت جمهوری اسلامی، اتهاماتی را که علیه یهودیان وارد کرده، به هیچ گروهی وارد نکرده‌است؛ وجود پدیده هولوکاست، گروه‌های اسلام‌گرای تندرو مانند داعش،] همجنس‌گرایی،] آئین بهائیت،] جنبش فمنیسم،] فراماسونری،] و دیگر مسائل، همگی را توطئه یهودیان برای نابودی اسلام و جمهوری اسلامی می‌دانند؛ برخی از کارشناسان اپوزیسیون می‌گویند که حکومت جمهوری اسلامی همیشه خطاها و ناکامی‌هایش را به گردن آمریکا و اسرائیل می‌اندازد و از مکانیسم دفاعی فرافکنی استفاده می‌کند. چنین بدگمانی و تفکرات هجومی مقامات جمهوری اسلامی ایران به اسرائیل را در علم اختلالات روان‌شناسی، پارانویا می‌نامند. انکار هولوکاست در ایران، سیاست خصمانه و پیاپی علیه یهودیان و اسرائیل، نوشتن جمله «اسرائیل باید از صفحه روزگار محو شود» روی بدنه موشک‌های بالستیک،] بیان عبارت «اسرائیل ۲۵ سال آینده را نخواهد دید» توسط علی خامنه‌ای، نفرت‌پراکنی اکبر عبدی در سال ۲۰۱۳ میلادی علیه یهودیان][پاورقی ۱] به کار بردن عبارت رژیم اشغالگر قدس و رژیم صهیونیستی، نوعی یهودستیزی .به‌شمار می‌آید..
فدراسیون یهودیان ایرانی–آمریکایی، اعلام کرده‌است که مقامات ایرانی هیچ اطلاعاتی را دربارهٔ ۱۱ مرد یهودی که در ۱۹۹۴
۱۹۹۷ ناپدید شدند، نداده‌اند
نظام آموزشی جمهوری اسلامی ایران کودکان یهودی را در استفاده از کتب غیر مذهبی یهودی محدود می‌کند و مدارس یهودی را ملزم به باز نگهداشتن مدارس در روز شنبه می‌کند. در مورد سطح ترقی یهودیان از نظر مشاغل تخصصی و به ویژه در دستگاه دولت محدودیت‌هایی وجود دارد
سید علی خامنه‌ای در سخنرانی ۲۹ تیر ۱۳۷۴ گفت دولت بی اصل و نسب؛ دولت جعلی؛ ملتِ دروغی. از اطراف دنیا آدم‌های شریر را گرد آوردند و ملغمه‌ای به اسم اسرائیل درست کردند. این ملّت است؟! هر جا یهودی‌های شریر و خبیثی بودند، در آنجا جمع شدند.
مسیحیان
مقالهٔ اصلی: نقض حقوق مسیحیان در جمهوری اسلامی ایران
همچنین ببینید: آزار مسیحیان و مسیحیان ایران
حکومت جمهوری اسلامی ایران، بیش از ۱۰۰ مسیحی را در عرض یک هفته، دستگیر کرده‌است و گروه فعالان مسیحی درب‌های باز (Christian advocacy group Open Doors) در تاریخ ۲۰ آذر ۱۳۹۷ گفته‌است که حکومت ایران، بی‌رحمانه پیروان مسیحی را در جمهوری اسلامی سرکوب می‌کند و این افزایش شدید دستگیری‌ها، به شدت، نگران کننده‌است
در جمهوری اسلامی ایران، مسلمانانی که مسیحی شوند (نوکیش)، به اعدام یا زندان…، محکوم می‌شوند.
محمدتقی بهجت دربارهٔ طهارت اهل نصار و یهود در پاسخ به سؤال ۳۶۴: «نظر اسلام را دربارهٔ مسیحی، کلیمی، {{یهودی}} و زرتشتی بفرمایید»؛ فتوا داده‌است «همه نجس و کافر هستند»
موارد گزارش شد
سه نوکیش مسیحی به نام‌های بابک حسین‌زاده، بهنام اخلاقی و صاحب فدایی، به دلیل مسیحی شدن، توسط حکومت جمهوری اسلامی به حبس‌های بلندمدت محکوم شده‌اند.
سعید عابدینی؛
یوسف ندرخانی.
وادار کردن زندانیان ارمنی‌زاده به نماز خواندن
مهرداد نشاطی ملکیانس، زندانی عقیدتی-سیاسی می‌گوید که ارمنی بود؛ ولی بعدها کمونیست (عضو سازمان چریک‌های فدایی خلق) شد، با شلاق، شکنجه می‌شد تا نماز بخواند.
سنیان
مقاله‌های اصلی: اهل سنت در ایران و سنی‌ستیزی
با وجود اینکه جمهوری اسلامی ایران رسماً یک حکومت شیعه اثنی‌عشری است، اقلیت‌های قومی متعددی هستند که پیرو مذهب تسنن بوده‌اند و تابع حکومت مرکزی نبوده‌اند. از کشتار کردهای ایران توسط حکومت مرکزی می‌توان کشتار قارنا را نام برد. شکنجه و کشتار کردهای ایران تا به امروز توسط جمهوری اسلامی ادامه دارد.
