جمهوری اسلامی بر طبق میثاق بین المللی حقوق مدنی و سیاسی ملزم است، که آزادی اندیشه، وجدان و مذهب را تضمین نماید.
از زمان انقلاب اسلامی سال ۱۳۵۷، نوکیشان مسیحی که در خانواده های مسلمان به دنیا آمده اند، هدف سیاست ها و اقدامات سرکوب گرانه و تبعیض آمیز دولت ایران بوده اند. آنها از حق اجرای مناسک مذهبی دین مورد نظرشان به صورتی آشکارا، آزادانه و بدون ترس از آزار و شکنجه، محروم شده اند. کلیساهایی که مراسم پرستش به زبان فارسی دارند، یا تعطیل شدند و یا از پذیرفتن نوکیشان مسیحی منع گردیدند. دارایی های متعلق به مسیحیان اغلب بدون پرداخت هیچ غرامتی مصادره شد. دعوت غیر مسیحیان به آیین مسیحیت و انتشار انجیل به زبان فارسی ممنوع گردید. علاوه بر این، تعدادی از رهبران کلیسا، از جمله چند نوکیش مسیحی، در شرایط مشکوکی به قتل رسیدند.
نوکیشان مسیحی برای در امان ماندن از اقدامات منزجرکننده حکومت شروع به گردهمایی در کلیساهای خانگی کردند؛ با این وجود، آنها هدف حمله حکومت جمهوری اسلامی ایران قرار گرفتند. بسیاری از آنها به صورت خودسرانه دستگیر و با اتهامات ساختگی روانه زندان شدند و یا مجبور گردیدند که از فعالیت های مسیحی دست بکشند. در سال های اخیر نوکیشان مسیحی بیشتری، از جمله خادمین کلیسا، به جای جرائم مذهبی مانند ارتداد به اقدام علیه امنیت ملی و تبلیغ علیه جمهوری اسلامی متهم شده اند.
اصل ۱۲ قانون اساسی جمهوری اسلامی تصریح می کند، که دین رسمی کشور اسلام و مذهب جعفری اثنی عشری است و «این اصل الی الابد غیر قابل تغییر است.»[۱] اصل ۱۳ زرتشتیان، یهودیان و مسیحیان را به عنوان اقلیت های مذهبی رسمی ذکر می کند. بر این اساس آنها آزادی آن را دارند، که مراسم و مناسک مذهبی خود را به جای آورده و در احوال شخصیه و تعلیمات دینی بر طبق آیین خود عمل کنند.[۲] همین حقوق به مسلمانان اهل سنت نیز داده شده است.
همان طور که در قانون اساسی به وضوح تصریح گردیده است، مسیحیان باید بدون در نظر گرفتن شاخۀ مذهبی، قومیت و زبانشان از آزادی مذهب برخوردار باشند. حکومت جمهوری اسلامی اما تعریف مضیقی از مسیحیِ به رسمیت شناخته شده دارد، که تنها شامل مسیحیان قومی (ارامنه و آشوریان/کلدانیان) و همچنین ظاهرا آن دسته از افراد می شود، که می توانند ثابت کنند که خود یا خانواده هایشان قبل از انقلاب سال ۱۳۵۷مسیحی بوده اند.[۳] نوکیشان مسیحی در کنار بهائیان، دراویش، اهل حق، صائبه-منداییه، و افرادی که به عرفانِ نوپدید اعتقاد دارند، اقلیت های مذهبیِ غیر رسمی به شمار می روند.
آزادی اندیشه، وجدان و مذهب یکی از ویژگی های اساسی حاصل از ارزش و شرافت ذاتی انسان است.[۴] جمهوری اسلامی بر طبق میثاق بین المللی حقوق مدنی و سیاسی ملزم است، که آزادی اندیشه، وجدان و مذهب را تضمین نماید. حکومت ایران همچنین موظف است، که حق حیات شهروندان خود و برخورد انسانی با آنها، از جمله اجرای عدالت و برابری در مقابل قانون را محافظت نماید.[۵] جمهوری اسلامی اما نوکیشان مسیحی را تهدیدی بالقوه به بنیان ایدئولوژیک خود می پندارد و به صورت ساختاری و به روش های گوناگون علیه آنها تبعیض اِعمال می کند.